(1)选择抗病品种：在生产上有许多高抗黄瓜枯萎病的品种。
(2)嫁接换根：黄瓜枯萎病不侵染南瓜，用黑籽南瓜做砧木与黄瓜嫁接，或实行3—5年轮作，是防治枯萎病最有效方法。
(3)种子消毒。干热处理，将种子在70一75℃烘箱中处理72小时，要注意种子必须绝对干燥，否则影响发芽。用55℃温水浸种10分钟再催芽，或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时，经清水冲洗后催芽。
(4)土壤消毒：用50%多菌灵8克对过筛细干土15公斤做成药土，拌匀后下铺上盖；还可在棚室空闲时，每亩施石灰50一100公斤。不仅防治枯萎病有效，还可杀死线虫
(5)药剂防治：对发病植株可灌根，用70％敌克松1000-1500倍液，隔7-10天灌一次，连灌2—3次。也可用敌克松10克，加面粉10克，调成糊状，涂于病株患处，对已发病植株有治愈效果。