催芽出现酒糟气味多半发生在种芽破胸高峰期。因为这时种子呼吸旺盛，需要大量氧气，如不及时翻堆散热通气，种堆当中极易产生高温(40℃或更高)。高温缺氧，种子就会进行无氧呼吸。引起酒精积累中毒，随之产生酒糟出气味，种芽也常常受到高温灼伤，被高温灼伤的种子，酶的活性被破坏，发芽慢而不齐。甚至成为哑种。已发芽的种芽出现畸形，根尖和芽尖变黄甚至枯死，严重时种产黏手，伴有浓重的酸味。
为防止烧芽或产生酒糟气味，在催芽过程中必须经常检查。破胸后发现温度超过30℃，应及时翻堆散温。如有轻微酒糟气味时，应立即散堆摊晾，降低种温，并用清水洗净，待多余水分控净再重新上堆升温催芽，这样可以挽救大部分种子。这时放风口要由小到大，由少到多，经常改变放风口位置，随秧苗生长，逐渐降低床内温度。揭膜前要使床内温度与外界气温接近或相同。在水的管理上尽量减少灌水次数和建立水层的时间。
