传播途径病菌以落入土中菌核或附于种子上的厚垣孢子越冬。翌年菌核萌发产生厚垣孢子，由厚垣孢子再生小孢子及子囊孢子进行初侵染。气温24-32℃病菌发育良好，26-28℃最适，低于12℃或高于36℃不能生长，稻曲病侵染的时期有的学者认为在水稻孕穗至开花期侵染为主，有的认为厚垣孢子萌发侵入幼芽，随植株生长侵入花器为害，造成谷粒发病形成稻曲。抽穗扬花期遇雨及低温则发病重。抽穗早的品种发病较轻。施氮过量或穗肥过重加重病害发生。连作地块发病重。发病规律此病主要以菌核在土壤越冬，翌年7～8月间萌发形成孢子座，孢子座上产生多个子囊壳，其内产生大量子囊孢子和分生孢子；也可以厚垣孢子附在种子上越冬，条件时宜时萌发形成分生孢子。孢子借助气流传播散落，在水稻破口期侵害花器和幼器，造成谷粒发病。据江苏省农科院植保所研究，病菌侵染始于花粉母细胞减数分裂期之后和花粉母细胞充实期，而花粉母细胞充实期前后这段时间是侵染的重要时期。防治方法
(1)选用抗病品种，如南方稻区的广二104，选271，汕优36，扬稻3号，滇粳40号等。北方稻区有京稻选1号，沈农514，丰锦，辽粳10号等发病轻。
(2)避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。
(3)氟硅唑咪鲜胺加嘧啶核苷类抗菌素农用抗菌素120防治，抽穗前用18%多菌酮粉剂150-200g或于水稻孕穗末期每667m2用14%络氨铜水剂250g稻丰灵200g或5%井冈霉素水剂100g，对水50L喷洒。用50%DT可湿性粉剂100-150g，对水60-75L。用40%禾枯灵可湿性粉剂，每667m2用药60-75g。以水稻抽穗前7～10天为宜。每亩用12.5%纹霉清水剂400～500毫升；或12.5%克纹霉水剂300～450毫升；或5%井冈霉素水剂400～500毫升，兑水37.5千克喷雾。杀菌农药可减至每亩300毫升，兑水喷雾。
