日光温室反季节栽培，塑棚春提早、秋延晚栽培，露地春茬，都可能发生低温冷害和冻害。
一、冷害辣椒生长期间，长期遭遇5℃以下0℃以上低温时，会出现叶绿素减少或在近叶柄处出现黄色花斑，植株生长缓慢的低温障碍，称为冷害。发生冷害植株的叶尖、叶缘出现水渍状斑块，叶组织变成褐色或深褐色，后呈现青枯状。在持续低温下，辣椒的抵抗力减弱，容易发生低温型的病害或产生花青素，导致落花、落叶和落果。辣椒果实的耐低温能力较差，在0-2℃范围内就可能发生冷害，0℃持续12天，果面会出现大片无光泽的凹陷斑，似开水烫过一样，4℃持续18天也出现相同症状。
二、冻害辣椒生长期间遭遇0℃以下的低温时，就会发生冻害。冻害发生一般有以下几种情况：一是苗床内个别植株受冻；二是生长点或子叶节以上3-4片真叶受冻，叶片萎缩或干枯；三是幼苗尚未出土，在地下全部被冻死；四是植株生育后期，果实在田间或挂秧保鲜，或者运输期间受冻，开始并不表现症状，当温度上升到0℃以上后，症状开始表现，初为水浸状，软化，果皮失水皱缩，果面出现凹陷斑，持续一段时间造成腐烂。防止低温冷害和冻害的主要措施有：选用耐低温品种；育苗和生产要采用性能比较好的设施，并加强保温，必要时进行补温。
