1、有机与无机相结合的原则
实施配方施肥必须以有机肥料为基础，土壤有机质是土壤肥沃程度的重要指标。增施有机肥可以增加土壤有机质含量，改善土壤理化生物性状，提高土壤保水保肥能力，增加土壤微生物的活性，促进化肥利用率的提高。因此必须坚持多种形式的有机肥料投入，才能够培肥地力，实现农业可持续发展。
2、大量、中量、微量元素相配合的原则
各种营养元素飞配合是配方施肥的重要内容，随着产量的不断提高，在耕地高度集约利用的情况下，必须进一步强调氮、磷、钾肥的相互配合，并补充必要的中、微量元素，才能获得高产稳产。
3、用地与养地相结合，投入与产出相平衡的原则
要使作物——土壤——肥料形成物质与能量的良性循环，必须坚持用养结合，投入产出相平衡，破坏或消耗了土壤肥力，就意味着降低了农业再生产的能力。