该病是气传病害，必须采取以种植抗病品种为主，药剂防治和栽培措施为辅的综合防治策略，才能有效地控制其为害。
（1）选用抗病品种，做到抗源布局合理及品种定期轮换。
在应用抗病品种时，注意抗锈品种合理布局。利用抗病品种群体抗性多样化或异质性来控制锈菌群体组成的变化和优势小种形成。避免品种单一化，但也不能过多，并注意定期轮换，防止抗性丧失。
（2）农业防治
①适期播种，适当晚播，不要过早，可减轻秋苗期条锈病发生。
②清除自生麦。
③提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥，增施磷钾肥，搞好氮磷钾合理搭配，增强小麦抗病力。速效氮不宜过多、过迟，防止小麦贪青晚熟，加重受害。
④合理灌溉，土壤湿度大或雨后注意开沟排水，后期发病重的需适当灌水，减少产量损失。
（3）药剂防治
在缺少抗病品种或原有抗病品种抗锈性丧失，又无接班品种的麦区，需要进行药剂防治。我国先后使用对锈病有效的杀菌剂有敌钠酸、敌锈钠、氟钡制剂、氨基磺酸钙、氟硅脲、萎锈灵、灭菌丹、代森锌等。近年主要推广三唑酮（粉锈宁）、特谱唑（速保利）等。
①药剂拌种用种子重量0.03%（有效成分）三唑酮，即用25%三唑酮可湿性粉剂15g拌麦种150kg或12.5%特谱唑可湿性粉剂60～80g拌麦种50kg。
②春季叶面喷雾小麦拔节至孕穗期病叶普遍率达2%～4%，严重度达1%时开始喷洒20%三唑酮乳油或12.5%特谱唑（烯唑醇、速保利）可湿性粉剂1000～2000倍液、25%敌力脱（丙环唑）乳油2000倍液，做到普治与挑治相结合。小麦锈病、叶枯病、纹枯病混发时，于发病初期，667m^2用12．5%特谱唑可湿性粉剂20～35g，对水50～80L喷施效果优异，既防治锈病，又可兼治叶枯病和纹枯病。
