棉花棉铃疫病主要针对中下部果枝的棉铃的真菌病害。该病害如果发病时间偏早，会导致棉铃枯死进而减产;如果发病时间晚，会导致棉铃外部枯萎。
一，发病症状发病部位多从棉铃基部开始，其次是铃缝、铃尖和其他部位。最初铃面出现黑褐色湿浸状病斑，一般不软腐，形状不规则，发展极快，经3～5天整个铃面变成黑褐色。这时铃面上见不到任何菌丝，这是棉铃疫病的典型症状。
二、传播途径遗落在土壤中烂铃组织内的卵孢子、厚垣孢子、孢子囊是翌年该病的初侵染源。病菌以卵孢子在土壤中和从菌丝在种子中越冬。经过春夏季在土壤中的一段腐生生活后，产生孢子囊，到棉的蕾铃期，从孢子囊释放出的游动孢子随着土面溅散的雨水传播到棉铃上进行侵染。病菌在铃壳中可存活3年以上。
三、发病条件大风侵袭、虫害重、伤口多，疫病发生重。铃期多雨、生长旺盛、果枝密集，易发病。致病适温是24～27℃，湿度在56%～100%均能发病。开始发病在7月下旬或8月上旬，8月中下旬为发病盛期，与降雨关系极大。迟栽晚发，后期偏施氮肥棉田发病重。郁闭，大水漫灌，易引起该病流行。果枝节位低、短果枝、早熟品种受害重。蛾、棉铃虫、红铃虫等棉田害虫，防止虫害造成伤口，减少病菌侵入途径。
四、防治措施
1.加强栽培管理合理密植，及时整枝打权，防止棉田郁闭;雨后及时排水，扶正倒伏棉珠，降低田间湿度;配方适时施肥，并喷施生长促进剂，进行叶面喷肥，每3～5天一次，促使棉花及早恢复、转化。摘除染病烂铃，抓好前期病害防治，减少病菌在田间积累、传播和蔓延。
2.治虫防病及时防治棉田玉米螟、甜菜夜蛾、棉铃虫、红铃虫等棉田害虫，防止虫害造成伤口，切断病菌侵入途径。
3.化学药剂防治发病初期及时喷洒65%代森锌可湿性粉剂30～350倍液或50%多菌灵可湿性粉耕800～1000倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂700倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂600倍液、72%克露可湿性粉剂700倍液，对上述杀菌剂产生抗药性的棉区，可选用69%安克锰锌可湿性粉剂900～1000倍液。以上药剂从8月上中旬开始，隔10天左右1次。
