小麦矮化腥黑穗病会产生冬孢子，多生于子房内，形成黑粉状的孢子团，呈球形或近球形，色呈黄褐色至暗棕褐色，其外孢壁的多角形网眼状饰纹，网眼通常直径3-5微米，呈脑纹状或不规则形，其孢壁外围有透明胶质鞘包被，不育细胞呈球形或近球形，色呈无色透明或微绿色。
