由于取消了活动盖，密封层施工可用100——200Ｗ灯光照明，施工前，必须把主体池内壁灰耳、毛边等铲掉，并用水泥砂灰把较大一些的缺损部位补好。沼气池密封层一般采用7层和3层做法，贮气箱采用七层做法，池底、池壁、水压间、进出料口通道等处采用3层做法，具体施工程序如下：
1、贮气箱部位刷一遍纯水泥浆，主要起黏结作用，比较干燥部位反复多刷一些。
2、底层抹灰。采用1：2或1：2.5水泥砂灰全池普遍抹一层底灰，基本找平。气箱拱角处要加厚、加固。
3、贮气箱抹素灰层。气箱底层灰结束后立即均匀抹一层素灰防漏层，厚度0.8－1毫米。
4、抹砂灰层。贮气箱素灰层结束后再抹一层1：2细沙灰，厚度为3-4毫米。
5、抹素灰层。为了增加防漏效果，贮气箱部位再抹一层素灰层，做法同（3），厚度为0.8-1毫米。
6、面层抹灰。气箱素灰层结束后，整池全部抹一层细砂灰，气箱部位用1：1或1：1.5水泥砂灰，其余部分用1：2水泥砂灰，砂也要过细筛，防止出现砂眼。此层作为第六层密封，池壁、出料口通道和水压间等处为第二层密封层。要反复压光、抹匀，池内各部位抹成圆弧形状。以上六层灰应在10小时完成。
主体池抹灰结束后，现场浇注池底，如土质坚实，混凝土直接浇注在地面上，池底边缘与池墙衔接处要适当加厚些，代替池辟圈梁，池底厚度为40－50毫米，振捣密实，然后抹一层1：2水泥砂灰即可，厚度8——10毫米，施工结束后，要封好进料口和出料口，保潮养护。
面层刷沼气池专用密封涂料，全池抹灰结束后，于次日可刷专用密封剂，用于与密封涂料混合的水泥要用细箩过筛。（具体使用方法及配比可参考“沼源”牌沼气池密封剂使用），全池可横竖交替刷浆2-3遍。每隔5-8小时刷一次。刷浆时对整体池进行检查，发现有砂眼，可用铁钉尖把砂眼开大一些，用素灰堵严，反复刷好。特别对进料管周围与池壁衔接处要仔细刷好、检查好。
市场上一些小厂生产的劣质涂料充当密封剂不但对池内的起不到密封作用，使用后还会导致素灰层脱落，造成沼气池漏水、漏气，修补起来很困难，最终使池了报废不能使用。最后建议使用正规厂家生产的沼气池密封剂。
