在大棚西瓜苗期特别容易暴发多种病虫害。加强育苗环境和种子的处理，选用抗病品种，培育健壮无病虫害的砧木和接穗，合理调控温、湿度和光照，选用有效药剂防治等综合措施，有利于培育健康嫁接苗供大田生产应用。
大棚西瓜苗期主要病害：
病害主要是猝倒病，可每周定期用32﹪的唑酮乙蒜素乳油1500-2000倍、16﹪酮乙蒜粉剂800倍、80﹪乙基硫代磺酸乙酯乳油2000-3500倍液喷施。另外，可叶面适当喷施营养调节剂，增强植株抗性。
大棚西瓜苗期管理要合理调控温湿度，创选适宜的育苗环境，主要的病害有：猝倒、立枯、病毒、炭疽、枯萎病等。主要虫害有蚜虫、叶螨、飞虱及蝼蛄等地下害虫。
大棚西瓜苗期病害处理办法：
立枯病，猝倒病可用32﹪的唑酮乙蒜素乳油1500-2000倍、16﹪酮乙蒜粉剂800倍、80﹪液喷施或进行浇灌，每平方米2-3升；病毒病可用20%腐殖马令胍600-800倍液；枯萎病可用乙基硫代磺酸乙酯乳油2000-3500倍倍液。蚜虫、飞虱可用2.5%功夫2000倍防治，叶螨可用73%克螨特3000倍液，蝼蛄可用毒死蜱撒施瓜沟。
