1、腐皮镰孢菌根腐病是非嫁接黄瓜的主要根腐病种类。
主要为害根和根茎部。根部初呈水浸状，后引起腐烂，变干呈褐色，但茎基部并不缢缩。茎部初呈水浸状，后表皮变淡黄褐腐烂，且腐烂处的维管束变褐，不向上发展，后期病部水腐，剩下维管束呈丝麻状。病株下部叶色较淡，强光下中午萎蔫，早晚恢复。严重时不能恢复，病部变糟，产生粉红色霉状物，仅留丝状维管束，枯死。
本病与枯萎病的不同点是：维管束变褐只限于腐烂部分，不再向上发展。
诊断要点：一是地下茎基部腐烂，缢缩不明显；二是茎基部导管变褐色；三是茎基部后期导管变褐色，但不向上发展，即地上部茎的导管不变色。
2、拟茎点霉根腐病是当前嫁接黄瓜的主要根腐病种类。
结果后陆续发病。病程较长，开始白天叶片出现萎蔫，晚上或阴天尚可恢复，持续几天后，下部叶片开始枯黄，且逐渐向上发展，导致瓜条发育不良。发生上述情况有2种：一是嫁接苗属于黑籽南瓜部分近地面的茎基部出现水浸状变褐腐败，致使全株死亡；二是茎基部不出现水浸和腐败症状，南瓜和黄瓜的维管束也不变褐，掘取根部可见细根基部变褐腐烂，主根和支根的一部分也出现浅褐色至褐色，严重时根部全部变褐色和深褐色，后细根基部全部发生纵裂，并在纵裂中间可能发现灰白色黑带状菌丝块，在根皮细胞可见到密生的小黑点。
黄瓜根腐病综合防治要点：
1、高温高湿有利于发病，浇水后注意排湿。
2、增施生物菌肥，另外在灌根药剂中，混掺生物菌肥（叶面肥）效果更好。
3、灌根药剂可选：多菌灵、络氨铜水剂、广枯灵、恶甲水剂、多菌灵+福美双等药剂。混掺生根剂，例如：生根壮苗剂、丰收一号、甲壳丰等。
一、搞好苗床消毒在高温季节晴天密闭棚室，育苗床或育苗温室土壤覆盖塑料膜，利用太阳能高温闷杀进行土壤消毒，使床土在50℃左右的条件下处理10分钟，可杀灭土壤中大部分致病病菌，大大降低发病率；播种或定植前用药土进行土壤消毒处理，也可用恶霉灵等药物进行床土处理。
二、加强管理，提高抗性定植前测土配方施肥，增施有机肥。定植后，前期适当控制浇水，以提高地温，促进根系发育。结瓜后适当增加浇水次数并及时追肥，防止脱肥造成植株早衰。注意通风降湿。
三、选用抗病砧木品种如河北省农林科学院经济作物研究所与唐山恒丰种业共同选育的绿洲天使、神根等黄籽南瓜砧木新品种。
