苗期主要防治地下害虫，移栽前或播种前用进口呋喃丹22.5~30.0kg/hm2拌细砂土900kg/hm2撒施，也可用敌克松等。抽穗期主要防治玉米螟蛀虫，用生物农药8010喷施，关键是要做好玉米螟观测工作，并及时喷药。
6适时收获与留种
由于紫玉米属鲜食型玉米，在蜡熟期开始采收为宜，此时籽粒内含物逐渐硬化呈蜡状，籽粒刚刚转为紫红色，用手指稍用力可压破。留种的果穗一般应选果型上、中、下匀称的健壮植株，并注意做好防止串粉、混杂等工作。采摘后的种穗要晒干、脱粒用塑料袋真空包装，贮存过程中要防止蛀虫侵入。