蔬菜无土栽培尤其是在营养液循环系统中，环境条件中温度与湿度保持恒定，其病害比基质栽培更多。尤以各种腐霉病危害严重，给栽培作物造成很大危害。
1根系病害常见种类
☆细菌性病害：如软腐病、青枯病和溃疡病等。
☆疫霉菌病害：如疫病。
☆镰刀菌病害：镰刀菌引起的病害很多，枯萎病是其中比较普遍的病害。
☆根结线虫病：主要危害黄瓜、甜瓜、南瓜、番茄、茄子和胡萝卜等。
2根系病害的症状
病菌侵入植株后会产生不同的病症，如根腐烂、严重矮化、凋萎，有时整株死亡。线虫侵入后，在主根、侧根均可发病，以侧根为多，在根上形成许多瘤状物。似豆科植物的根瘤，大小不一，球形，初为白色，后变为褐色或黑色，植株地上部分萎缩或黄化，阳光充足时，极易萎蔫，严重时可造成全株死亡。
3防治方法
侵入温室无土栽培蔬菜的病菌主要有以下途径，即：种子、水、土壤、沙、草炭和其他基质及昆虫。其防治措施可分为生物防治、物理防治和化学防治。
3.1生物防治
☆选用抗病品种。选用适当的抗病品种是防治根系病害的首选办法，许多病原菌都是由种子带病的。如莴苣种子可带有莴苣花叶病毒。因此，在选用种子时，要注意选用不带病菌的优质种子。
☆利用有拮抗性的微生物防治。
3.2物理防治
☆温室和设备消毒。种植前，温室内外要清除所有的植物残体，地面上铺上洁净的塑料薄膜隔离土壤。而后在大棚内均匀放置3~4只大口瓶，倒入福尔马林和高锰酸钾（每立方米福尔马林10mL，高锰酸钾4g）给空间消毒，温室密闭24h后通风，等福尔马林挥发干净后方可种植。栽培设施和器具的消毒，可用福尔马林50~100倍或中性次氯酸钙1000倍液浸泡或流动冲洗1~2天。设备器具消毒后，要用清洁的水冲洗掉残液，以防药害，消毒用过的残液可排到温室地面或周围土壤作为环境消毒。
☆种子消毒。一是利用干热灭菌。如70~72℃处理3天或用温汤浸种，将番茄、黄瓜种子置于53~55℃水中处理20~30min。这是比较普遍和常用的方法。二是用中性次氯酸钙消毒。用7000mg/kg中性次氯酸钙处理黄瓜、甜瓜等种子60min，处理后风干播种，如不风干立即播种易产生药害。
☆营养液及基质消毒。夏季进行基质消毒，可将基质浇透水，盖上薄膜，利用高温高湿达到消毒目的。在冬季，可多次翻晒用日光自然消毒。当用有机生态型栽培蔬菜时，选用有机肥一定要注意选择消毒质量好的肥料。
☆营养液消毒。可采用物理、化学或杀菌剂等方法，物理方法主要有过滤、紫外线灭菌、超声波处理、巴氏德灭菌等；化学方法主要有臭氧处理、表明活性剂及农药处理等。
☆加强管理。当基质栽培中营养液不循环利用时，一旦发现病株即拔除，以免传染其他健康植株。同时注意控制根系的水位和流量，并通过控制室内温度和营养液温度来控制根系病害的发生。当营养液循环利用时，最好采用小规模的巡回系统设备，以免大面积作物被感染。当用基质栽培床种植蔬菜时，应每隔5m左右，用塑料将其隔断，以免由于灌溉水互相传染。
3.3化学防治
主要是采用表面活性剂。将表面活性剂加入营养液循环系统中，对腐霉菌和疫病的病菌防治很有效，表面活性剂还可防治莴苣的叶柄肥大病。
