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生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放。生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。
生物菌肥，就是在有机肥料加中入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有机养分抑制土传病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到地里再发挥作用的。生物活性有机肥是近年来开发的一新型肥料品种。它是以多种功能有益微生物群为主体，以城乡工农业有机废弃物如草炭、褐煤、农作物秸秆、畜类粪便、生活垃圾、污泥为载体配合无机营养元素，通过生物化学工程处理和微生物发酵工艺而制成的适应各地土壤肥力和作物生长需求的系列生物活性有机肥，类型有蔬菜型、果树型、大田型及花卉型。它融有生物活性物质的生理调节功能，无机化肥的性和有机肥的长效性，可实现有机-无机平衡。这里的微生物主要是气肥料的先期发酵，施入土里就没有作用了。
有机肥主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。广义上的有机肥：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
生物菌肥（微生物肥料）是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂--细菌肥料--微生物肥料，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。因此，我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料--生物有机肥：
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥的优点：
1生物有机肥与化肥区别：
1）生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2）生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3）生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4）生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5）生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
2生物有机肥与精制有机肥区别：
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
1）生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
2）生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
3）生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
4）生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
5）生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
3生物有机肥与农家肥（传统有机肥）的区别：
1）生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4生物：
1）生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
