芹菜的常见病害有软腐病、软腐病、病毒病、早疫病、菌核病等。前期种植的时候尽量选择抗病性较强的品种；播种前用48度的温水把种子泡半小时；后期发现病体及时清除，注意空气的流通性；可用药物喷剂预防与治愈。常见的虫害主要有蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等，可用吡虫啉、蚜螨虫威、斑潜净等药物喷剂除杀。
病害防治
常见病害：软腐病、软腐病、病毒病、早疫病、菌核病
软腐病：此病一般会发生在芹菜的幼时的移植期间，或是移植后的生长期。发病严重时会导致芹菜腐烂，发出刺鼻的臭味。
心腐病：此病可虽着土壤越冬，在二下次种植时，会随着土壤在传播于植物上。在气温达到36度以上，12度以下时容易引发此病。芹菜最适合的气温在27度与30度之间。同时病菌还可通过浇水、昆虫等进行传播。
病毒病：此病主要侵蚀芹菜的叶子。最初也是由芹菜的叶子先发生。此病主要也是因为气温的过高，过低引起的。在20度至25度之间，加上天气的多雨与空气的潮湿，很容易触发此病。
早疫病：与斑点病为同一病种。无论是幼苗期还是长成后都有可能发生。此病发病主要原因也是因为温度的过高与潮湿导致。
菌核病：芹菜的整个生长期都有可以生病，此病发病主要原因也是因为温度的过高与潮湿导致。
防治方法：
1.在种植前尽量选择抗病性较强的品种。
2.在播种前，先用48度的温水把种子泡半小时左右，这样可以有效防治播种前种子所带的疾病。
3．合理施肥，发现病体及时清除，以防扩散。注意空气的流通性，避免潮湿。
4．可用药物喷剂预防与治愈。
虫害防治
常见虫害：蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等。
防治措施：可用吡虫啉、蚜螨虫威、斑潜净等药物喷剂除杀。
