有机肥中含有氮、磷、钾、钙、镁、硫、铁等多种作物必需的营养元素，是完全肥料。除了含有多种元素之外，很多有机肥还带有一些有助于作物吸收和生长的微生物。适当施用有机肥，一方面满足荔枝树生长对多种必需元素的需要；另一方面可改善荔枝园的土壤团粒结构，使土壤熟化、疏松通气。由于荔枝根系与真菌共生，形成内生菌根，富含有机质和熟化疏松通气的土壤，有利于形成发达的内生菌根，既有利于排水，也有利于保湿、保肥，更有利于根系均衡吸收各种养分。
实践证明，果园长期只施化肥，土质会变板结，土壤通透性差，根系吸收能力弱，易受干旱影响，果园干湿度、温度变化大，这些是造成幼年荔枝生长缓慢、迟迟不能成园的一个重要原因。生产实践中，多施有机肥的果园，荔枝生长快，叶色浓绿，根系发达，荔枝病虫害明显少于专施化肥的果园。这是因为多施有机肥，树势健壮，使病虫害危害相对减轻。
幼年荔枝树施用有机肥，花费不多，易于实行，效果很好，所以应适当施用有机肥。幼龄荔枝树每年施用量：优质有机肥1～2千克/株，一般有机肥10~30千克/株。有机肥在施用前一定要充分腐熟，否则有可能造成烂根伤苗。
