黄瓜在育苗时常因发生猝倒病、立枯病等病害而引起死苗，严重时造成秧苗成片枯死，给生产带来一定的损失。为了有效地减少和控制黄瓜育苗期间，由种子带菌、土壤传播病原而引起的各种病害，提高黄瓜成苗率和培育壮苗，一定要对苗床土进行消毒。
常用的方法主要有：
(1)药物熏蒸消毒法把甲醛、垄鑫、线克与菌线克等有熏蒸作用的药剂，加入到苗床土壤里，并在土壤表面用薄膜盖严，使药物气体在土壤中扩散进行杀菌、杀虫。土壤熏蒸完后，掀开薄膜，待药剂充分散发后，方可装钵播种。
(2)药土消毒法配制营养土时，每立方米营养土加入70％甲基托布津或50％多菌灵l00克，或90％敌百虫20克，或金雷多米尔5～7克。
(3)太阳能消毒法这种方法只适用于高温季节。播种前，把地翻平整好，用透明吸热薄膜覆盖好，晴天土壤温度可升至50℃～60℃，密闭15～20天，可杀死土壤中的多种病菌。
