杂交水稻与常规水稻相比，吸收氮、磷肥比较接近，但吸收钾比常规稻高。从各生育期吸收氮、磷、钾养分来看，在分蘖至孕穗这一阶段是三要素吸收量的高峰期，约占总吸收量的60%~70%，其中对氮的吸收，分蘖期稍多于幼穗形成期；对磷、钾吸收，则以幼穗形成期为多。从齐穗至成熟期对三要素的吸收仍占有较大比例，约占20%~30%，这与常规稻有较大不同。对于杂交稻后期仍需要维持一定的养分供应。
杂交水稻施肥要重施基肥，早施追肥，后期补肥，做到前期攻得起，中期稳得住，后期不早衰。每生产450千克稻谷，需施氮肥12~13千克、磷肥5~6千克和钾肥10~15千克。基肥以有机肥为主并配施一定的氮肥，占总用肥量的60%~70%。磷肥全作基肥，钾肥的一半作基肥，一半在抽穗前施用。氮肥的第一次追肥在插秧后5~7天进行，用肥量占用肥总量的30%。后期补施一次穗肥，占用肥总量的10%，并可根据情况喷施0.2%磷酸二氢钾，以延缓植株早衰，增加后期光合产物积累和运输，使产量提高。
