禽畜粪便虽然是很好的有机肥料，但是不能直接在土地上施用，否则，会造成土壤滋生病菌，导致农作物的损害。以下有四点直接施用肥料所导致的危害。
，传染病虫害，粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响，未腐熟的有机物资在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。
第二，发酵烧苗，禽畜粪便在施用到地里之后，会具备发酵的条件，而一起烧苗。当发酵条件具备时，在微生物的作用下，生粪发酵，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时会导致作物死亡。还有未发酵腐熟的有机肥中养分多为有机态或缓效态，不被植物直接吸收利用，只有分解转化成态才能被植物吸收利用
第三，肥效缓慢，未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成态才能被作物吸收利用。而因为这个原因，很可能会造成作物错过的吸收营养时期。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。发酵时也选专业场商的发酵剂如宝贝肥料发酵剂。
第四，环境污染，农作物施肥高峰时粪便还可以处理掉。施肥淡季，粪便无人问津，只好任意堆积，风吹雨淋，肥分流失，污染环境。
综合上述，，我们要对这些肥料经过加工处理，使得肥料中的病菌都消除完毕，这样在对农作物进行施加，土地才能更加优质，农作物也能更好的吸收养分。
