1.农业防治：因地制宜选用抗病品种，实施主动抗病；采用机插秧、麦后稻直播等轻型栽培技术措施进行避虫避病，以减少带毒灰飞虱传毒的机会；适当增加用种量，增加单位面积上的秧苗数，可减少秧苗感染黑条矮缩病的概率，建议在大田常规用种量的基础上适当再增加用种量5%～10%。
2.药剂防治：
①全面开展药剂浸种、拌种。结合水稻种传病害防治，大力推广35%稻拌成、5%锐劲特、25%吡虫啉等药剂浸种、拌种，利用药剂的内吸传导作用控制秧苗早期灰飞虱传毒。
②加强秧苗期管理。狠治秧田一代灰飞虱成虫。选择持效性较好的5%锐劲特、25%噻嗪酮、25%吡虫啉（博得、先净）等，与速效性较好的毒死蜱（48%新一佳、40%新农宝）、异丙威、仲丁威、混灭威、敌敌畏等结合使用。移栽前2～3天用好送嫁药，做到带药移栽。
③适期防治大田前期灰飞虱。直播稻田的灰飞虱防治，于播种后7～10天（秧苗露青）用药。移栽稻和机插稻大田一般在移栽后5～7天，结合稻纵卷叶螟、二化螟的防治进行兼治，隔10天左右再进行第2次防治，7月份后由于气温高，灰飞虱的数量下降，灰飞虱的传毒能力降低，不需作专门的防治。在水稻黑条矮缩病的常发区，在治虱防病时，选用菌克毒克等病毒钝化剂预防1～2次，可提高植株抗病毒能力，减轻发病危害程度。要注意交替用药，延缓灰飞虱抗药性产生，并注意毒死蜱、敌敌畏等农药的安全使用。做好稻田四周杂草的灰飞虱防治，并改单家独户防治为群防统治，采取统一时间、统一药剂、统一防治，确保全区域有效控制。
3.抓好应急补救措施：在水稻栽后20天内，当大田已经明显发病严重，对病穴率超过7%的田块，及时拔除病株，并就地入泥掩埋，然后从健丛中掰分1/2分蘖或将储备秧苗移栽在拔除病株留下的空穴中，并适当加施速效肥，可促使稻苗恢复群体生长，其他照常管理。在发病较重的情况下，此措施具有良好的防病保产效应。
