保护地瓜菜苗期病害主要有猝倒病、立枯病、沤根、灰霉病、瓜类枯萎病、番茄晚疫病、番茄早疫病等。采取综合防治措施，做好苗期病害的防治，培育无病壮苗，是瓜菜高产、优质的基础。
发生条件
瓜菜苗期植株幼嫩，尤其是子叶期，子叶中养分已用尽，真叶尚未长出，新根尚未扎实，幼茎尚未栓化时，遇到寒流低温、阴天多雨、光照不足等不良气候，幼苗营养消耗大于积累，生长纤弱，最易受到病原菌的侵染。特别是多年连作的保护地，因病菌残留量大，苗病发生严重。
防治措施
(1)种子消毒。种子用OS—施特灵0.5%水剂400—500倍液浸种6小时(不需浸种的可将药液喷在种子表面，边喷边拌，以种子湿透为宜)，或拌种(先用少量水把种子湿润，然后加所需药拌匀，药量为种子量的0.3%—0.5%)。也可以用50%多菌灵可湿性粉剂进行拌种，药量为种子量的0.4%。
(2)苗床消毒。床上应选用无病新土，如用旧园土，应进行苗床消毒。可用OS—施特灵0.5%水剂500倍液直接喷洒在苗床上，然后把浸种后露尖的种子撒在苗床上，再覆1层细土。
(3)加强管理。播种后，出苗前要增温促出苗，白天保持室温28—30℃，夜间不低于24℃，地温15—20℃；出苗后，逐步降温，防止徒长。特别要结合天气变化情况，经常通风换气，降低室内的空气湿度，不给病害发生创造适宜条件。尤其在阴雨天气，光照不足的情况下，更要抓紧机会，通风降湿。苗期浇水不宜过度，避免幼苗徒长，要适时盖好薄膜、草苫，防止幼苗低温受害。
(4)幼苗病害的药剂防治。发现少量病苗时，应及时拔除病株，撒施少量干土或草木灰去湿，适当通风降湿，及时分苗、间苗，用细竹签松床土降低湿度。同时选用OS—施特灵0.5%水剂500倍液，或72.2%霜霉威水剂400倍液，或15%恶霉灵水剂450倍液叶面喷雾，每隔7—10天喷1次，连喷2—3次，可有效控制病害的进一步发生发展。
