小麦秋播直接影响着来年小麦收成的好坏，面对病虫害可以推广使用杀菌剂和杀虫剂复合的种衣剂或拌种剂进行包衣或种子处理。农户应根据当地主要病虫种类，选择适和当地的种衣剂。
近年来由于秸秆还田使地下害虫滋生，并且气候因素病害逐年递增，使农民朋友猝不及防。小麦出现的主要病虫害有四种：
，土传病害，主要是纹枯病、全蚀病、根腐病。这些病菌并不是说今年出现了，明年就不会有，它可以存活多年，从小麦播下种子开始发芽之后就可能被病菌侵染。
第二，系统侵染病害，主要有秆黑粉病、散黑穗病和腥黑穗病。病菌从小麦种子发芽就侵入生长点，随小麦植株生长进行系统侵染，穗期表现为害症状。
第三，地下害虫，主要是蛴螬、蝼蛄和金针虫，在秋苗期和返青后会咬食小麦根茎部，造成缺苗断垄。
第四，小麦蚜虫，吸食叶片、茎秆、嫩头和嫩穗的汁液，间接危害是传播小麦黄矮病。
处理这四种危害有效的方法就是拌种，种子包衣是一项把防病、治虫、消毒作为一体的种子处理技术，不仅可以避免病虫为害，而且包衣的种子还具有发芽率高、根系发达、促进分蘖、提高产量和品质作用。具体来解决这四种病危害，有两种方法。，针对土传病害和种传病害的问题来说，现在的杀菌剂多是自下向上单向传导，地上喷施药剂无法到达发病部，但防治种传病害和土传病害效果并不是很好。采用药剂拌种不仅可防治麦类黑穗病，还可有效地控制小麦根腐病、全蚀病、纹枯病的发生和危害，可用苯醚甲环唑或戊唑醇等拌种剂拌种，能够促根壮苗、增加分蘖、防病抗倒伏，终起到增产效果。小麦全蚀病严重发生区，可选用12.5%硅噻菌胺悬浮剂拌种。第二，而地下害虫和麦蚜的防治，可以在播种前用药剂拌种，这种方法是防治小麦地下害虫有效的方式。对地下害虫发生区，可选用吡虫啉种衣剂或丁硫克百威拌种，可以起到多重功效。
