苹果园如果长期不注意农家肥的施用，单一大量偏施化肥，往往会导致土壤有机质缺乏，造成土壤板结，苹果树根系难以正常生长，吸收能力降低，加之连年环剥环割，树体营养物质运转受阻，树势衰弱，叶片薄小、黄化，最终出现根系“饥渴”现象，功能失调，部分矿质元素出现暂时亏缺，出现生理病害，如苦痘病等；钙、氮比例失调，如水心病、虎皮病等。水心病缺钙，缩果病缺硼等现象出现，果面产生暗绿色或暗红色或褐色病斑。
苹果园应重施有机肥的投入，有条件的可实行测土配方施肥，适当控制氮肥施用量，增施农家肥和优质有机肥。
增施有机肥料或绿肥，疏松土壤，培肥地力，创造根系生长的良好条件，根系活性强，有利矿质营养元素的吸收利用，保水保肥。
实践证明，在连年重施有机肥或有机质含量高的果园，这类病虫害相对较轻。近年来，我国北方苹果产区近年来推广应用的有机、无机、生物肥三效合一的龙飞大三元肥后，果面光洁，蜡质层增厚，果实商品率显著提高。
