丝瓜的花着生于叶腋间，雌雄同株异花，花冠黄色，下午开放。雄花为总状花序，每花序10余朵花。生产上为减少养分消耗，可采取摘除部分雄花的方法。雌花一般单生，但有的品种在较低温度下有时同节着生多个雌花。异花授粉，虫媒花，丝瓜单性结实性差，在保护地生产中，可进行人工辅助授粉或用激素处理以提高坐果率和刺激果实膨大。
丝瓜花性型具有可塑性，雌、雄花的发生与外界条件有密切关系。低温、短日照有利于雌花分化。一般早熟品种在第5~10节间出现第1朵雌花，晚熟品种通常在第12节以上才出现第1雌花，侧蔓的第一雌花一般要比主蔓上的低2~5个节位开始出现雌花。
当阴天、气温较低时，丝瓜雌花一般在早晨6～7时开花，柱头的活力可以维持到中午。当外界气温较高时，丝瓜雌花在5时左右开花，9时前后柱头上就有黏液产生，失去活力。因此在人工授粉时，必须在黏液产生之前进行。
