冬瓜对肥水的吸收量较大，耐肥能力强。冬瓜施肥应以有机肥为主，配合追施少量复合专用肥。虽然冬瓜整个生育期需肥量较大，但各生长阶段很不平衡。在冬瓜生长初期，营养体小，吸收能力差，需肥量也较少。在冬瓜抽蔓期需肥量稍有增加，此时期根系吸收以氮素为主。冬瓜开花结果期是营养生长和生殖生长并进时期，既要保证茎叶生长，又要为开花结果提供充足营养，需要吸收大量的磷钾营养，这也是冬瓜需肥的高峰期，此时期持续时间较长。在冬瓜果实定型时，对肥料的吸收又是下降趋势，留瓜越多，需肥的高峰期越长。
据测定，每生产1000千克冬瓜需纯氮1.0~3.6千克、五氧化二磷0.6~1.5千克、氧化钾1.5~3.0千克。氮的吸收高峰期在开花结果期，磷的吸收高峰期在种子发育期，而钾的吸收高峰期在果实膨大期冬瓜对氮肥形态要求不严格，但无公害冬瓜应少施氮素化肥，并要适量适期，以降低果实中硝态氮的含量。磷钾肥对冬瓜的营养生长和生殖生长均有明显的效果因此，在冬瓜整个生育期中，应注意氮、磷、钾等元素的配合施用。
如果对冬瓜施用过多猪牛粪等腐熟厩肥、骨粉、人粪尿等有机肥，会造成果实肉厚、味淡、不耐贮存，偏施氮肥，则果肉薄、味淡、不耐贮存，易发生绵腐病因此，冬瓜施肥应坚持有机肥与无机肥配施，以有机肥为主，无机肥为辅。
