一、揭去苗木覆盖物
脐橙砧木苗种子萌发出土后，需及时除去覆盖物。通常在种子拱土、幼苗出土率达五六成时，撒去一半覆盖物；幼苗出土率八成时，揭去全部覆盖物，以保证幼苗正常生长。
二、适时淋水
注意砧木苗土壤湿度的变化，如发现表土过干，影响种子发芽出土时，要适时喷啉水，使表土经常保持湿润状态，为幼苗出土创造良好条件。忌大水漫灌，以免使表土板结，影响幼苗正常出土。
三、适时间苗移栽
当砧木幼苗长至2~3片真叶时，如密度过大的应进行间苗移栽。间掉病苗、弱苗和畸形幼苗，对生长正常而又过密的幼苗进行移栽。移栽前2~3天要浇透水，以便于挖苗。挖苗时注意尽量多带土，少伤侧根，主根较长的应剪去1/3，以促进侧根生长。最好就近间苗移栽，随挖随栽，栽后及时浇水。播种时采用密植的，可待春梢老熟后进行分床移植，通过分床可进一步把幼苗按长势和大小分级移栽，便于管理。移栽后的株行距为12~15厘米×15厘米，每亩可移栽11000~12000株。小苗移栽时，栽植深度应保持在播种园的深度（可参考苗上的泥土痕迹），切忌太深。移栽后，苗床保持湿润，1个月后苗木恢复生长，开始施稀薄人粪尿，每月施肥2次，其中1次每亩施三元复合肥20千克。
四、除草与施肥
砧木幼苗出齐后，注意及时除草、松土，保持土壤疏松无杂草，有利于幼苗健壮生长。以后注意浇水保持畦面湿润，同时进行培土覆盖暴露的种核。当幼苗长出3~4片真叶时，开始浇施1：10的稀薄熟人粪尿，每月2次。在幼苗生长期每月每亩还可追施尿素15千克、三元复合肥10~15千克。11月下旬停止施肥，以免抽冬梢，直到第二年春后再施肥。生产中应及时防治危害新梢嫩叶和根部的害虫。
五、除萌蘖
脐橙砧木苗需及时除去砧木基部5~10厘米的萌蘖，保留1条壮而直的苗木主干。注意确保嫁接部位光滑，便于嫁接操作。
