秸秆直接还田可以改善土壤结构，有利于固定和保存土壤养分，促进土壤中磷、钾和微量元素的释放，从而提高作物产量，且对后季作物的增产和培肥地力有一定的作用。但秸秆直接还田要科学操作，才能获益。
1、还田数量一般情况下，秸秆可全部还田。在薄地、氮肥不足离播期又较近的情况下，秸秆用量不宜过多。因为时间短秸秆不能完全腐烂和矿化，影响出苗或幼苗生长，导致当季作物的减产。而在肥地，氮素化肥又较多，距离播期较远的情况下，则可增加用量。
2、还田时期和方法旱地争取边收边耕埋。特别是玉米秸秆，因初收获时秸秆含水量较多，及时耕埋有利于腐解。若玉米秸秆或小麦秸秆做棉田基肥，宜在晚秋耕埋。麦田高留茬在夏休闲地要尽早耕播入土。水田宜在插秧前7-15天施用。用草量多的可间隔时间长些；反之宜短些。一般将稻草切成10-12厘米长，撒在田面，同时施用适量的石灰（酸性土每亩施30-35千克），浸泡3-4天再耕翻，5-6天后耙平，即可插秧。
3、配施氮、磷化肥由于作物秸秆碳氮比大，如果土壤中氮不足，分解初期，往往会使作物缺氮，为了防止幼苗与微生物争氮，秸秆直接还田应配施氮磷肥。
4、秸秆应切碎后深翻入土秸秆直接还田前应切碎然后翻耕。翻耕时应注意和泥土尽量混合均匀，同时覆盖严密，防止跑墒，以利腐解。
5、带有病菌和害虫的秸秆不宜还田秸秆直接还田，由于未经高温发酵，可能导致各种病虫害蔓延传播，因此，带有病菌和害虫的秸秆不宜直接还田，应先高温堆肥或沤制后再施用。
