棉花是一种耐涝性较强的作物，但遭受涝灾后对棉株生长和棉铃发育都是不利的。因此，当棉田遭遇涝灾后要采取如下措施加以补救。
1、及时排除积水。虽然棉田积水后植株仍能生长，但淹水时间过长会严重影响根系活动，容易造成大量叶片和蕾铃脱落，必须及时排水，尽量减少田间积水时间。
2、及时扶苗、洗苗。棉花经过水淹和风吹，根系受到损失，往往造成棉株倒伏，排水后必须及时扶正、培直，并洗去叶片及枝条上的淤泥，以进行光合作用，促进植株生长。
3、及时中耕、培土。受涝棉田排水后土壤板结，通气不良，水、气、热状况严重失调，必须及早中耕，破除板结，并结合中耕进行培土，以提高植株根际的土壤温度和防止倒伏。
4、及时增施肥料。棉田经过水淹，土壤养分大量流失，加上根系吸收能力衰弱，及时追肥对棉株恢复生长和增结秋桃十分有利。在棉株恢复生长前，以叶面喷肥为主；棉株恢复生长后，可在距离棉株10—15公斤/亩或尿素5—7.5公斤/亩。
5、及时防治病虫害。受灾棉株恢复生长后，枝叶幼嫩，前期蚜虫多；后期易受棉铃虫、棉小造桥虫等危害。因此，要早治、狠治，做到每叶必保，没蕾（铃）必争，最大限度地提高单株产量。同时，由于受涝棉田田间湿度大，容易引起烂铃，要切实加强防治。
另外，遭受涝灾的棉花要适当推迟打顶时间（一般要比正常棉花晚打顶5—10天），遇秋旱及时浇水，后期适时进行人工催熟。
