1、选育和推广优质抗病品种
选用抗病品种是防治丝黑穗病的最根本措施，也是最经济有效的措施。因此，选育和推广抗病品种变的至关重要，而为了加强抗病品种的选育，我国玉米遗产育种者做了大量的抗原筛选工作。不同地区应根据各地不同的实际情况选用抗病杂交品种，如农大108、农大3138等。同时还要选择颗粒饱满的新种子，这样玉米出苗快、生长健壮、不易感病。但在推广中要注意兼抗大、小斑病等其他病害的问题，避免因推广单抗丝黑穗品种，而造成其他病害的大流行为害，造成更严重的损失。
2、改进栽培管理措施
首先，调整播期和提高播种质量：其次，采用地膜覆盖技术：地膜覆盖可提高地温，保持土壤水分，使玉米出苗和生育加快。再次，采用扒土晒根技术：在幼苗一叶一心期至二叶一心期将苗埯周围的土扒开，使幼苗地下茎曝晒在阳光下，10—15天后将土复原，可减轻病害发生。
3、药剂拌种防治
坚持在播前用药剂处理种子，最常用也是最有效的种子处理方法是药剂拌种。随着国内种衣剂技术的发展，在种衣剂内加入萎锈灵或惨效期较长的三唑类杀菌剂对种子进行包衣处理，从而达到对玉米丝黑穗病的防治目的。
4、减少田间菌源
病田施行轮作：前年丝黑穗病严重的地块停种玉米，结合当地种植业结构调整，实行玉米与豆类、薯类或瓜菜类等作物3年以上的轮作倒茬，避免因连作或倒茬不及时而导致病情加重。
肥料合理处理：不用带菌的玉米秸秆作饲料，如用带菌的秸秆饲喂牲畜，而丝黑穗病的厚垣孢子经牲畜的肠胃后仍可存活，致使粪肥带菌。丝黑穗病病原孢子生命力极强，在粪肥中要经过高温发酵，充分腐熟，并用药剂进行喷洒才能被确保杀死。停止秸秆还田或清理病株后再秸秆还田，虽然秸秆还田能够使地力提升，但如果将丝黑穗的病菌一同还入土里，造成玉米丝黑穗病的大发生更是得不偿失。
拔除病株：苗期表现典型症状的，结合除草在定苗前铲除病苗和可疑苗。苗期不显症状或症状不易识别时，在喇叭口期显症明显时，及时砍除病株。玉米抽穗后，在菌瘿中的冬孢子成熟散落前，及时砍除病株。玉米收获后的病残组织要及时处理，压低菌源。拔除病株还应注意：拔除病株一定要及时；不能将拔除的病株随意堆放在田间地头；更不能只注意拔除发病雄穗，而忽视发病的雌穗；还不能将病株随意放入牛栏等易被人畜再次携带病原菌的地方。
