红薯在贮藏过程中，极易发生烂窖现象，轻则食味变坏，食用价值降低；重则会全窖腐烂。红薯发生烂窖的原因主要有温度、病害、干湿害、空气不足等引起的闷堆发酵腐烂以及由病原菌引起的病害烂窖等。红薯在窖藏过程中应针对不同的原因采取相应的防治措施。
一、防病
红薯贮藏过程中发生的腐烂，大多数是由病原菌为害造成的。一般红薯在收获前10天左右对旧窖进行消毒。使用前要铲旧见新或每立方米用15克硫磺薰蒸，也可以撒生石灰粉进行消毒。红薯入窖前要精挑细选，凡有病虫、刨伤、撞伤，水浸、受冻、粘有湿泥的都不能入窖贮藏。
二、防冻
红薯在16℃以上时，薯块呼吸作用加强，放出大量水分，自身抗性下降，给病害病菌创造了有利条件，从而使薯块烂坏；温度低于9℃，持续10天—13天，薯块就会受冷害腐烂。避免红薯受冻应及时收获，适时入窖，一般在霜降至立冬前选择晴天收薯，在收、贮、运过程中要轻放、轻装、轻藏。贮藏期窖内温度保持在10—15℃之间。
三、防湿
湿、干害薯块田间长期水渍或过于干旱，入窖后由于大堆放置，薯块呼吸放出大量的热和水分，即为“发汗”。发汗后的薯块由于湿害进一步加重，不久便会腐烂。受干旱影响的红薯，发汗后组织内失水增多，造成生理萎缩，抗病能力下降而糠心腐烂。在贮藏期应选择晴暖天气，打开窖口，降温散湿，及时更换潮湿盖草。
四、防闷
缺氧薯窖小，存量大，排气设施差，薯块入窖后温度偏高，在氧气供应不足的情况下，长期无氧呼吸产生大量的酒精，引起薯块中毒腐烂。为防止闷害发生，贮藏量一般以占窖内总容量的三分之二为宜。同时，不能封窖过早，并注意通风降温。待窖内温度降到12—14℃时可关闭窖门。若窖内温度超过14℃以上时，要及时采取排气降温措施，以防闷堆。
