受传统种植习惯的影响，不少菜农在育辣椒苗时，依然采取多次分苗的办法，使得辣椒伤根严重，影响其正常生长。当辣椒苗长到3片叶左右时，菜农进行第一次分苗。分完后的幼苗再移栽入苗畦内。当辣椒苗达6-8片叶时，才将苗子移入营养钵内培育，二次分苗。当辣椒长到11片叶左右才进行定植，根系被移动了三次。
辣椒分苗的目的是通过过分苗选优，使秧苗生长整齐，茎叶组织紧密，茎增粗、壮实、增强抗逆性，增加生根以利于缓苗。菜农采用的多次分苗的方法却犯了伤根的大忌，由于伤根造成了种种问题。
首先，多次分苗后伤根重，根系再生能力弱。辣椒本身根系就不发达、再生能力弱，根系受伤之后难以发生新根。而分苗势必造成伤根，而多次分苗势必伤根严重。辣椒根系一般在植株7片叶左右时就开始木栓化，再生能力降低；12片叶左右时根系木栓化程度就较高。而菜农选择6-8片叶进行分苗，11片叶时进行定植，分苗后的根系会恢复困难。
其次，导致花芽分化差。辣椒的花芽分化多从3-4片真叶期开始进行，期间若伤根势必影响水分、养分和内源激素的供应，因而花芽分化差或花芽分化推迟，导致后期辣椒畸形果过多或前期产量低。
再次，营养供应不足。多次分苗虽然扩大了秧苗营养面积和生长空间，改善了其光照条件，但是根系受伤严重，生根慢不利于营养的供应，“叶靠根长”，因而表现为辣椒茎秆细弱、叶小叶黄。
另外，易侵染根部病害。多次分苗，使得根系伤口多，因而容易感染病菌而造成烂根死棵。
因此，为了避免分苗伤根严重和影响花芽分化，多把分苗放在花芽分化以前进行，也就是辣椒秧苗达3-4片真叶以前进行分苗为宜，后当秧苗长至7-8片真叶时进行定植为宜。
辣椒定植其实更适合采用小苗定植的方法。可直接将种子播入穴盘或营养钵中，不必进行分苗，当秧苗达7-8片真叶时直接定植即可。这种育苗方式避免了移苗对根系的伤害，也方便在定植前用药液处理根系，杀灭病菌，利于壮苗的培育和后期的高产。
