绿色食品水稻生产的施肥不仅关系到绿色食品的产量，同时也关系到绿色食品的品质，其施肥原则是：以农家肥和有机肥为主，尽量减少化肥用量，施用化肥时一定要采用配方施肥技术，注意肥料的品种和使用的数量及施用方法。
一是农家肥料：使用各种有机肥，包括堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、饼肥。农家肥料制作堆肥，都必须经过持续5-7天高温发酵且达到无公害标准。沼气发酵必须经30天以上密封贮藏期持续2天55℃左右的高温发酵并达到无公害标准。
二是商品肥料：施用商品有机肥、腐殖酸类肥料、微生物肥料、有机复合肥、无机肥料、叶面肥、有机无机肥和掺合肥等。
三是肥料使用方法：有机肥作基肥施用，绿色食品也可限量使用化肥，但化肥必须与有机肥、复合微生物肥配合施用。并且有机氮与无机氮之比不超过1：1，严禁使用未腐熟的人粪尿和饼肥，禁止使用未进行无害化处理的城市垃圾。
