1、越区制种，种子成熟度差。盲目越区引种一些生育期较长的组合，亲本后期不能正常成熟，即使基本成熟，但气温下降无法脱水，特别是遇到秋季低温多雨、气温下降快、早霜等，导致种子灌浆不好，籽粒水分含量高，易发生冻害，使发芽率降低。
2、病害影响。个别组合穗腐病严重，如以478作母本的组合。穗腐病是从穗轴发生，被病毒感染的穗轴呈黄绿色，但种子从表面上看不到已被病毒感染，实际上种子的发芽率已经降低。另外易染大斑病、青枯病的组合，一旦染病，极易导致制种田出现早衰现象，结果籽粒瘦瘪，使种子发芽率降低。
3、人为因素影响。种子收获后晾晒不及时；晾晒时没有防冻措施；苫盖过严，发生霉变或烫伤。这些都会导致种子发芽率降低。
