1、烧心。生育前期较少出现，一般发生在11-12片叶时，发病原因主要是因为缺钙引起的。夏季栽培的芹菜容易发生烧心，防治方法主要从管理入手，做到温湿度适当，对酸性土壤要适当施入石灰，把土壤酸碱度调整到中性。
2、空心。发病原因是一种生理老化现象，多发生在沙壤土地上，一般发生在芹菜生长的中后期。此外，土壤干旱，芹菜受冻也易出现空心。防治方法：避免种植在沙壤土上，施足腐熟的有机肥，适时追肥，发现叶色浅，脱肥时可喷洒0.1%尿素水溶液2-3次。
3、叶柄开裂。发病原因一是缺硼引起的，二是在低温干旱情况下生长受阻所致。此外，突发性高温、多湿，植物吸水过多，造成植株快速充水，容易开裂。
