秧苗管理要求精心细致，一般分四个阶段进行。
播种—出苗
这段时间主要是密封保温，保证出苗所需的水份和温度。棚内温度控制在30℃左右，超过35℃时要通风降温。缺水时要及时补水，一般底水未浇透，或置床渗水，出苗前经常出现芽干现象，因此这个时期水份是重点，但也不能水份过大，防止低温烂芽。覆膜的出苗后立即撤去地膜，以免烧苗。
出苗—1叶1心期
这个时期对低温的抵抗能力强，注意床土不能过湿，否则影响根系生长，尽量少浇水，温度控制在20—25℃，高温晴天要通风降温，防止烧苗。要注意在背风面通风，防止摔苗和大风掀棚。当秧苗长到1叶1心时，最好能浇一次灭枯灵等药剂防治立枯病。
如果播种后未进行药剂封闭除草或除草效果不好的苗床，1叶1心期是使用敌稗的最佳时期，用20%敌稗乳油兑水40倍于晴天无露水时喷雾，用药量每667平方米1千克，施药后棚内温度控制在25℃左右，半天内不要浇水，以提高药效。
1叶1心—3叶期：
1叶1心—2叶1心（离乳期前后）是立枯病和青枯病的易发时期，也是培育壮秧的关键时期，这个时期对水份最不敏感，对低温抗性强。床土水分应控制在一般旱田状态，保持床面干燥只有床土干裂时才能浇水，以此促进根系发达，生长健壮，棚内温度控制在20—25℃，高温晴天及时通风炼苗，防止秧苗徒长。
有盐碱的地区此时期应浇酸化水1—2次降低床土PH值，方法是每50千克水中加入50毫升硫酸（大约1000倍），浇后不用洗苗。
在3叶左右要追一次离乳肥，每平方米追施硫酸铵30克，施后用清水冲洗一次，以免烧苗。
3叶—插秧：
此期不仅秧苗需大量水分，而且随着气温的升高，蒸发量也大，床土容易干燥，因此浇水要及时，充分，否则秧苗会干枯。这时外部气温已经很高，棚内温度应控制在25℃以内，要大通风，棚裙白天可以掀起来，晚上外部在10℃以上时可以不盖棚裙。插秧前要掀棚炼苗3—5天，这样插秧后基本不缓苗，返青快，成活率高。
在插秧前3—4天追施一次“送嫁肥”，每平方米苗床施硫铵50—60克，施肥后用清水洗苗防止烧苗。
为了预防潜叶蝇在插秧前用40%氧化乐果乳油兑水800倍，在无露水时，避开中午进行喷雾。插前人工拔一遍大草及恶苗病株。
