近年，全国各稻区普遍发生一种危害稻穗和谷粒的病害—水稻穗腐病，过去也称颖枯病、谷枯病、黑穗病、穗褐变病、褐变穗。而且，随着气候、耕作栽培制度变化，施肥量特别是氮肥用量的增加、品种更替等，穗腐病（由多种病原引起）迅速上升，特别是水稻孕穗后期－抽穗扬花期如遇阴雨高湿、温暖天气该病发生危害重。穗腐病由多种真菌引起，造成稻穗、谷粒腐坏、变色、结实率降低或不实、稻米畸形。水稻感病后不但影响产量，还由于病原菌有色、产生毒素而改变稻谷外观，降低稻米品质；对食用者的安全、健康构成危害。
中国水稻所黄世文等从稻穗发病谷粒中，共分离到４种真菌，经形态学、生物学及分子生物学鉴定，分别为层出镰刀菌、澳大利亚平脐蠕孢菌、新月弯孢菌和细交链孢菌，并初步确定层出镰刀菌为主要初侵染菌。目前，生产上尚无针对水稻穗腐病的高效药剂。广西大学侯恩清等通过实验室筛选并经大田试验、示范，认为对穗腐病防治效果较好的药剂有４５％咪鲜胺乳油、５０％多菌灵可湿性粉剂、３０％苯醚甲环唑;丙环唑乳油、８０％代森锰锌可湿性粉剂和２０％三唑酮乳油等，在生产中可根据实际情况选用，或两两药剂混用。
防治穗腐病最佳施药时期是在水稻始穗前５～７天及破口至齐穗期各打一次药。如遇连续阴雨需在雨前或阴雨间歇期加大剂量防治。可结合防治水稻后期的穗颈瘟、纹枯病、稻曲病、褐飞虱等几种药剂现配现用，达到一药多治的效果。另外提倡合理平衡（Ｎ、Ｐ、Ｋ）施肥、少施氮肥，水的管理要做到“寸水活棵、中期浅水勤灌、后期干湿交替”，也能为减轻穗腐病的发生危害。
