芥蓝的病害较少，北京地区多见黑腐病，此为细菌性病害，高温高湿易发生。芥蓝的病虫害防治如下。
成株叶片多发生于叶缘部位，呈V形黄褐色病斑，病斑的外缘色较淡，严重时叶缘多处受害至全株枯死。
幼苗染病时其子叶和心叶变黑枯死。
防治方法为选用抗病品种，避免与十字花科蔬菜连作，发现病苗及时拔除，初发现病斑即喷洒杀菌剂，如百菌清等。
另外，温室栽培在温度偏低，湿度大时叶片、茎和花梗易发生霜霉病。
发病初期要及时摘除病叶，立即喷洒药防治，常用药剂是40%疫霜灵可湿性粉剂300倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液或65%代森锌可湿性粉剂500倍液。
芥蓝常见虫害有菜青虫、小菜蛾和蚜虫。苗期用杀虫剂防治，可用敌百虫1000倍液。
