辣椒苗期易发生猝倒病、立枯病、病毒病、枯萎病等病害，应加强防治。
预防选择没有种植过辣椒的田块做苗床，每亩用敌克松(95%敌磺钠可溶性粉剂)0.5公斤加适量水喷雾消毒土壤。播前用55℃温水浸种10分钟，再用0.3%～0.5%多菌灵拌种防治枯萎病。合理轮作，施足基肥，多施腐熟有机肥，氮磷钾施用比例为5∶2∶6.花期和结果期每亩用磷酸二氢钾100克加水60公斤喷施，提高植株抗病能力。
治疗发病初期及时拔除病株烧毁，对病穴撒石灰粉消毒，或用75%百菌清可湿性粉剂1000倍液对发病中心喷雾，抑制病害蔓延。猝倒病和立枯病发病初期，用75%百菌清可湿性粉剂600倍液或敌克松1000倍液喷雾。病毒病由蚜虫传播，用敌杀死(25克/升溴氰菊酯乳油)或天王星(25克/升联苯菊酯乳油)3000倍液喷雾防治蚜虫，同时用植病灵(1.5%烷醇·硫酸铜水乳剂)1000倍液或2%病毒A500倍液对病区喷雾。防治枯萎病，用50%多菌灵可湿性粉剂或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液灌根。以上药剂每隔7～10天喷一次，连续防治2次。
综合防治方法：
1、选择适宜的苗地进行育苗。选择前作不是茄类、瓜类、豆类、番薯和十字花科蔬菜且地势较高、排水通畅、土质疏松肥沃的无病地块育苗。
2、利用药土保苗。每平方米苗床用50%多菌灵或50%甲基托布津可湿性粉剂10克加干细土10公斤拌匀，先将其中一半撒于畦面，然后播种，播种后再撒上另一半，将种子夹在药土中间。
3、加强田间管理。雨天要及时排水，平时要勤检查，发现病害及早防治。
4、药剂防治。发病初期喷洒58%瑞毒霉锰锌500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500倍液，或800倍72·2%普力克水剂和50%福美双可湿性粉剂的混合液，对猝倒病、立枯病都有较好的防治效果，一般每隔7—10天用药一次，连续2—3次。对于沤根的防治，其根本性措施是降低土壤湿度。
