土壤中营养成分少或植株吸收营养能力较低都可导致植株营养不良，即发生缺素症。过多的水分、低温以及植株根部受伤和病害的侵染等都有可能使植株、茎叶、果实营养不良。其症状表现：植株生长缓慢，叶片褪绿，甚至烫伤，果实发育不良，结果减少，严重时果实腐烂或产生斑点。
1．缺钙：番茄缺钙时始发病于幼果脐部，初为水浸状暗褐色斑点，病斑逐渐扩大发展成下陷、革质、褐色或黑色坏死区域，潮湿时斑上腐生黑色霉状物。坚硬的褐色区域可以扩展至果实内部，病果提早变红，属典型的生理性病害。
此病是因为果实内缺钙而发生的，是供应果实营养的相应功能叶中钙供应不足，干旱，盐浓度过高，以及植株根部受病虫危害或水分过多等，影响了植株从土壤中吸取钙素，施氮肥过多会导致此病的发生，原因是氮刺激植株生长，而消耗了对果实有用的钙，各个品种都较易感染此病。
预防措施：在生长期，一是适时浇水，尤其是结果期注意水分的均衡供应，严防忽干忽湿。开花结果期如遇高温干旱要及时浇水，雨季注意雨后排水，确保根系的正常功能。二是生长前期要稳施氮肥，避免营养生长过旺，在坐果期可叶面喷洒1％的过磷酸钙浸出液或1％的氯化钙液，每10天左右喷1次，或用美林高效钙和其他钙制品喷洒幼果，间隔5-7天喷1次，每穗果连喷2-3次。另外，在幼果期要及时摘除脐腐果，以减少植株体内的养分消耗，保证健果生长。
2．缺钾：番茄是需钾较多的作物，缺钾时，叶脉保持绿色，但主叶脉之间的叶片组织褪绿，叶片卷曲、呈赤绿色，严重时沿叶缘发生灼伤。缺钾症状首先出现在老叶上，钾不足降低了果实中酸的含量，同时引起果实内部褪色。
有时即使土壤中钾的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，不能提供足够的钾素供给果实发育和植株生长，当果实成熟时仍表现出缺钾症状。当土壤中的钾供应不足时，果实的发育就以损害叶片为代价，通常当结3-4穗果后，老叶出现缺钾，症状尤为明显。若根系发达，那么症状出现较迟。
预防措施：追施以及叶面喷施相结合，保证中后期钾素的供应。
3．缺磷：苗期磷素不足会使植株生长缓慢，叶片变紫，有时土壤中并不缺磷，但常因低温、干旱阻碍了根系的吸收能力，而出现缺磷症状。补救措施：叶面喷施补磷，提高磷肥的利用率。
4．缺铁：铁元素在植物生长发育中起着重要作用，铁不足可使叶片褪绿，但叶脉包括小分枝的叶脉仍为绿色。措施：叶面喷施0.2-1％的硫酸亚铁水溶液。
5．缺锌锌不足可使叶脉间叶片变黄，并发展成黑色斑点或变紫，缺锌严重，可阻碍植株生长。植株生长期可叶面喷施0.02-0.1％硫酸锌水溶液预防。
