一是种子含水量过高。玉米种子含水量过高，一旦受冻，胚部就会被破坏，从而使其生活力和发芽率下降。所以，应千方百计想办法把玉米种子含水量降到15％以下，即达到安全水平以下。
二是种子净度不够。如果掺杂有秕粒、破碎粒以及尘土等杂质，就会使其堆中的孔隙度减小，阻碍其因呼吸所引起的热量散失，从而使杂菌和贮粮害虫有可乘之机，造成坏种。为此，对贮存的玉米种一定要认真筛选，以清除杂质，保证净度。
三是种子受潮。玉米种子因其组织疏松、胚大，很容易吸水膨胀，严重的发生霉烂。所以，为了避免其坏种，必须将玉米种放置在干燥而温度又比较稳定的室内。
四是种子被污染。严禁将玉米种与化肥、农药等放在一起，以防止因污染而坏种。
五是老鼠危害。近年老鼠越发猖獗，因此一定要想方设法消灭老鼠，以避免其给生产造成重大损失。
六是包衣种子不能暴晒或在高温处存放，这样容易失去药性。此外，还应经常检查种子堆内的温度、湿度和种子发芽率等，一旦发现问题，及时解决，避免由于玉米种贮存不当，给玉米生产造成难以弥补的损失。
