西瓜茎部病害多为真菌性病害，棚室内湿度过大较易发生。苗期幼苗茎部受害多为立枯病、猝倒病引起的，可喷施普力克、阿米西达等药剂防治。中后期茎部病害往往是从植株与土壤接触部位或蔓受伤部位侵染发病，蔓枯病、炭疽病、疫病等真菌病害均可引起发生，症状表现一般为患处腐烂、流汁，并向内侵染，造成维管束堵塞，最终导致植株萎蔫、枯死。由于中后期茎蔓粗壮，采用常规药剂喷施增加了患部及棚室湿度，且不能深入患部深处，防治效果往往不佳。采用甲基托布津等广谱药物，将其调成糊状涂抹于患处，可有效杀死真菌并降低患部湿度，结合通风降低棚室湿度，防治效果较好。
