1、配备基质的含水量不能偏低，否则不能压实，播种后种子易“戴帽”出土。
2、基质肥料添加量不可过大，化肥不能超过基质重量的0.2﹪，尿素不能做种肥，否则不利出苗。
3、催芽期注意催芽室温度，整个环境温度难以保证时，播后应在穴盘上覆地膜保温。
4、在水肥管理上要经常补水，天热时一天一补、或一天二补。
5、幼苗生长后期，基质养分不足时，可用100克尿素，40克磷酸二氢钾加15公斤水配成简单营养液进行喷施补偿。
6、穴盘育苗最好选用丸粒化的包衣番茄种，以便保全苗，同时也节省种子，节省用工。
7、工厂化穴盘育苗以培育4—5片叶番茄幼苗为宜，过大时，幼苗拥挤，长势变差。
