病虫害防治是套种蔬菜管理的重点。番茄和尖椒同属茄果类蔬菜，很多病虫害都是相同的，尤其是土传病害，如枯萎病、疫霉根腐病和腐霉根腐病等，很容易出现交叉感染。对于同样发生在两种蔬菜上的病虫害，要特别注意加强防治，喷药时全面细致，不留死角。
套种尖椒时，上茬西红柿已经到了生长后期，有些菜农疏于管理，造成棚中病虫害发生严重，尖椒定植后不久即发病。因此，西红柿进入生长后期后，菜农不要放松对病虫害的防治工作。尖椒幼苗娇嫩，用药时严格控制用药量，多选择生物制剂，以防使尖椒苗受药害。
由于采取套种模式，番茄拔园后土壤不能深翻和消毒，大量土传病菌和虫卵留存在土壤中，而番茄的多数根系仍然留在土壤里，难以彻底清除，这就为尖椒根部病害发生埋下了隐患。
为了减少尖椒根部病害的发生，菜农在定植尖椒时一定要做好药剂蘸根，预防根部病害的发生。同时，穴施生物菌肥，促进根系健壮，补充营养，缓解番茄与尖椒争夺营养的问题。
合理打叶让尖椒多见光
由于尖椒定植后还有一个多月番茄才能拔园，尖椒长期寄居于番茄之下，对尖椒苗期的生长很不利。菜农应及时打掉番茄叶片，让尖椒多见光。
菜农在打叶时保留果实下面的一两片叶及植株顶部的三四片叶即可。通过保留这几片营养叶，既能保证植株进行正常的光合积累，植株顶部的叶片又能遮挡部分阳光，避免果实暴露在强光下，导致转色不均。
另外，菜农可通过在棚内安装补光灯、悬挂反光幕、勤擦棚膜等措施，增加棚内光照强度，来改善棚内的光照条件。
清园要彻底避免伤根
当番茄采摘完最后一穗果后，必须尽早拔除清园。清园要全面彻底，不但是茎叶，根系也要尽量清理出来。
由于尖椒定植在两棵番茄之间，两者相距很近，大约在20厘米多一点，番茄拔园时若不小心，很容易对尖椒的根系、茎叶造成损伤。
建议菜农在番茄拔园时先浇一水，使土壤变得疏松，拔除番茄植株时最好将两只脚踩在番茄植株与尖椒植株之间，避免对尖椒根系造成大的损伤。
