铺施有机肥不仅可持续提供营养，而且有降低土温，保持墒情，稳定土壤透气，防除杂草之功效。切忌在山药沟内边填土边施有机肥。
在沤制发酵有机肥的同时，掺入磷肥，一般每667平方米用过磷酸钙50-60千克。铺施有机肥应特别注意不要有粪块，必须把有机肥捣碎砸细，以防块茎尖端碰到粪块，引起分杈甚至脱水坏死。
山药生长前期施氮肥，以利于茎叶生长，一般在苗出齐或移植成活后施一次稀粪尿，以后每隔20-30天施一次50％的人粪尿；或追速效氮肥。发棵期追1-2次，每次每667平方米施15千克尿素。植株现蕾时应重施肥一次，可用较浓的人粪尿适当加饼肥；或每667平方米追氮、磷、钾复合肥40-50千克，以保证块茎伸长与膨大有充足的营养。9月上旬应再施一次肥，9月中旬以后不再施肥。
