胡萝卜的常见病害主要有根线虫病、软腐病、菌核病，虫害有蛴螬、地老虎和蚜虫。
1.农业防治
选用适合当地生长的高产、抗病虫、抗逆性强、品质好的优良品种栽培。从无病株上采种，做到单收单藏。在无病地栽植，或与葱蒜类蔬菜及水稻实行3年以上轮作。深翻晒土，并可适量撒些生石灰消毒。增施基肥和追肥。合理密植，注意通风透光，适当灌水，雨后及时排水，降低空气湿度。及时间苗和定苗。清除田间病株残体，集中到地边一处，加石灰分层堆积或集中烧毁，以减少田间病原。及时铲除田间杂草。
2.物理防治
用黄板诱杀蚜虫和白粉虱，用银灰色反光膜驱避蚜虫，用黑光灯、高压汞灯、频振式杀虫灯和糖醋液，诱杀蛾类、小地老虎、蝼蛄等。大棚里可在通风口安装防虫网。
3.生物防治
可释放害虫的天敌防治害虫，如赤眼蜂可防治地老虎，七星瓢虫可防治蚜虫和白粉虱，还有捕食螨和天敌蜘蛛等。可利用微生物之间的拮抗作用，如用抗毒剂防治病毒病等。也可利用植物之间的生化他感作用，如与葱类作物混种，可以防止枯萎病的发生等。
4.矿物质、植物药剂防治
用硫黄、生石灰进行土壤消毒。喷用木醋液300倍液，连喷2—3次，可在发病前或初期防治土壤和叶部病害。沼液可防治蚜虫和减少枯萎病的发生。用苦楝油防治潜叶蝇，用36%苦参碱水剂防治纽蜘蛛、蚜虫、小菜蛾和白粉虱等，用草木灰浸泡后的滤液还可进行R面喷施防治蚜虫，沼液或堆肥提取液可用来防治蚜虫。用苏云金杆菌防治害虫。用波尔多液控制真菌性病害。浓度为0.5%的辣椒汁可巍防病毒病。防治胡萝卜微管蚜、柳二尾蚜等，用2.5%鱼藤酮乳袖600～800倍液喷雾。
