切碎秸秆，使麦秆保持适当长度。要使用带秸秆切碎功能的收割机，在收割小麦的同时将秸秆切碎，并均匀抛撒在田面，小麦秸秆切碎的长度应在10厘米左右，留茬高度以不影响整地为宜，一般低于15厘米。秸秆还田机作业深度要大于15厘米。一般采用80马力以上拖拉机，匹配相应幅宽的秸秆还田机械，秸秆还田采用水田埋茬耕整机。
适量还田，避免小麦秸秆多而不烂。一般如果前茬小麦未覆盖过秸秆,覆盖量以每亩250-300公斤为宜;若前茬小麦覆盖秸秆,覆盖量以200-250公斤为宜。覆盖时以盖严地皮不留天窗为宜,将麦秸和麦糠均匀铺撒于作物行间。
提高耕作质量，尽可能使泥土沉实。实施水田秸秆还田的，应先上水泡田24小时，软化土壤和秸秆，尽可能使泥土沉实，提高作业质量，以防止机插时飘秧、倒秧和栽插过深，影响分蘖和产量。总的原则是秸秆还田田块土壤的沉实时间要大于不还田的田块，一般粘性土壤整地后应沉淀2－3天，壤土沉淀1－2天，砂性土壤沉淀1天，上水深度以3-125px为宜；然后实施平整耕作。
增施氮肥，避免稻苗与秸秆腐烂争夺氮素。小麦秸秆还田，应增施氮肥，促进秸秆分解。以每100公斤秸秆增施纯氮1公斤，选择铵态氮或尿素为好。基肥深施，提倡有机肥、无机肥相结合，在机具作业前，均匀撒施在秸秆表面。
及早露田，避免水稻根系中毒发黑。水稻移栽活稞后，及早排水露田，通气增氧，排除秸秆分解时产生的毒素，促根增蘖，保高产。
