水稻菌核秆腐病主要是稻小球菌核病和小黑菌核病。两病单独或混合发生，又称小粒菌核病或秆腐病，它们和稻褐色菌核病、稻球状菌核病、稻灰色菌核病等，总称为水稻菌核病或秆腐病。中国各稻区均有发生，但各地优势菌不同，长江流域以南主要是小球菌核病和小黑菌核病。
一般可结合防治纹枯病同时进行，栽培防病措施可参照纹枯病，但秆腐病与纹枯病也有所不同，故防治上应注意下述几点：
（1）在药剂防治上应把防虫与控病结合起来进行，彻底防除飞虱和叶蝉，可有效减轻病害。在分蘖至拔节期、孕穗至始穗期和灌浆期视病情虫情和苗情，分别喷药各一次，着重喷施植株中下部。药剂可选用16%噻井悬浮剂（杀虫剂噻嗪酮与杀菌剂井岗霉素混剂）800~1000倍液，22%双井水剂（杀虫双与井岗霉素混剂）300~400倍液，40%稻瘟净或异稻瘟净乳油600~800倍液，50%多菌灵可湿性粉600~1000倍液，或70%托布津可湿性粉1000倍液。
（2）在水分管理上注意防止稻株生育后期田水落干过早、过重，以免促进病情的发展。
（3）为减少菌源，对重病田尽量做到齐泥低割，不留禾头；病秆尽早烧掉。
（4）选育抗病品种，在广东，科白北田间抗病性表现明显；艮丹红人工接种表现高度抗病，可作为抗源加以利用。
