一、棉花苗期病虫害主要以立枯、猝倒病为主，在苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉苗病多发的重要原因。棉苗根病初发时，及时用40%多菌灵胶悬剂新高脂膜800倍液、65%代森锌可湿性粉剂新高脂膜800倍液或36%棉枯净可湿粉剂10-15克/亩，兑水15公斤顺棉苗茎杆喷雾，间隔5-7天，再喷一次。
二、棉花枯、黄萎病：都是为害棉花的维管束组织的病害，引起棉花叶片变色、干枯、脱落萎蔫等症状，严重时连片枯死，严重影响产量。可在棉花蕾期用枯黄萎灵每亩40克兑水喷雾(最好是连喷带灌)3-4次。
三、棉苗炭疽病：在南、北棉区发病均较严重，重病年份造成缺苗断垄，甚至毁种，炭疽病病菌不仅浸染幼苗的根茎部，还能力害幼茎、叶、真叶和棉铃，后期还可造成烂铃。对棉花产量有直接影响。发病初期喷洒70%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂800倍液。
