在发病重的田块，实行水旱轮作，也可与十字花科或禾本科作物轮作3-4年，避免与茄科作物连作。定植地块深翻土壤，进行高温灭菌或曝晒处理，于辣椒定植前40天左右大水浇透，用透明地膜覆盖畦面。施用腐熟有机肥，适当追施硝酸铵。定植时把混合好的木霉菌（木霉菌：草木灰：有机质＝l:10:40）撒在植株茎基部的四周，同时覆盖秸秆以保证木霉菌生长所需要的湿度，木霉菌在辣椒全生育期只用1次。
发病初期，可采用以下杀菌剂进行防治：50％异菌脲悬浮剂1000倍液；20％甲基立枯磷乳油800倍液；喷雾或灌根，视病情隔10-15天1次。
