菜苗三害主要是指药害，肥害和草害。
一、药害
药害的发生是由于农药选择不当，喷施浓度过高，农药配制不均，喷药时间不当，施用时用量过多等原因而引起的。防止药害的方法是要根据不同的病虫害进行对症下药，浓度要适当，配制时充分搅拌均匀，喷施雾点细而匀，不能集中局部地点喷施过长时间，以叶上有水滴下即可。如发现喷施浓度过大，应立即喷清水，避免发生药害。喷药时间宜在上午通风1小时—2小时后进行，严禁晴天闷热时喷药。
二、肥害
肥害是由于营养土配制不当，加入过量氮肥或腐熟不充分的有机肥，或根外追肥浓度过高而引起的。蔬菜苗发生肥害时出现落叶、烂根的现象。应合理配制营养土，使用腐熟的有机肥，氮、钾肥合理搭配时要搅匀，根外追肥时肥料浓度配制要适当。追肥应在晴天早上通风1—2小时后进行。一旦发生肥害应立即喷水。
三、草害
由于苗床环境温暖湿润，床土肥沃，苗床易生杂草。杂草一方面与蔬菜争夺养分，另一方面给蔬菜带来病虫害。要防治杂草，首先应严格堆制营养土，使杂草种子在堆制期间死亡。在发行杂草时可进行人工除草。
